Les arrêtés de dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées doivent être motivés, en droit et en fait. Cette motivation doit être complète au regard des conditions fixées par l’article L.411-2, et suffisante.

Les mesures adoptées dans le cadre de la législation sur les espèces protégées sont soumises par le juge administratif à un contrôle de proportionnalité. Elles ne doivent pas être excessives dans leur portée et leurs effets, au regard des objectifs poursuivis.

Le juge administratif exerce sur les arrêtés de protection de biotope un contrôle limité à l’erreur manifeste d’appréciation, mais dont la précision peut descendre jusqu’à l’échelle d’une parcelle cadastrale. Il vérifie que la parcelle concernée abrite effectivement des espèces protégées, et que le milieu concerné peut s’apparenter à une formation naturelle peu exploitée par l’homme. Il apprécie également l’étendue des mesures édictées par le préfet au regard des pouvoirs que lui confère le code de l’environnement.

Un projet d’aménagement privé peut présenter par sa nature et par le contexte économique et social dans lequel il s’insère, un intérêt public majeur. Cet intérêt public peut être mis en balance avec l’objectif de conservation des habitats naturels et de la faune sauvage pour apprécier la légalité d’une dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées.

Les dispositions de l’article L. 142-1 du code de l’environnement ne dispensent pas l’association de protection de l’environnement agréée au titre de l’article L. 141-1, qui sollicite la réparation d’un préjudice causé par les conséquences dommageables de l’illégalité fautive d’une décision administrative, de démontrer l’existence d’un préjudice direct et certain résultant, pour elle, de la faute commise par l’Etat.

En vue du renouvellement pour 15 ans de son autorisation d’exploitation et de l’extension du périmètre exploité, un carrier obtient une dérogation pour la destruction et/ou la perturbation intentionnelle de spécimens d’espèces animales protégées, ainsi que pour la destruction, l’altération ou la dégradation de sites de reproduction ou d’aires de repos d’espèces protégées. Ayant constaté l’absence de raison impérative d’intérêt majeur, les juridictions administratives sanctionnent cette violation de l’article L. 411-2-4° en annulant la dérogation à l’interdiction de détruire des espèces protégées et l’autorisation d’exploiter la carrière.

Le fonctionnement d’une installation classée pour la protection de l’environnement ne doit pas entraîner la destruction d’espèces animales protégées ainsi que la destruction, l’altération ou la dégradation de leurs habitats, sauf si une dérogation est accordée. L’autorisation environnementale peut être contestée au motif qu’elle n’incorpore cette dérogation. La demande de dérogation à cette interdiction prévue à l’article L. 411-2 du code de l’environnement est néanmoins inutile, lorsque les risques de destruction d’espèces et d’habitats protégés, sont suffisamment réduits car prévenus par des mesures d’évitement et de réduction des impacts du projet sur l’environnement. Les éléments du dossier doivent être suffisamment étayés et probants pour démontrer l’absence d’atteinte aux espèces et à leurs habitats.

La Cour administrative d’appel de Lyon valide la dérogation « espèces protégées » délivrée pour la réalisation du projet de Center Parcs de Roybon, en l’absence d’autres solutions satisfaisantes, en considération de l’intérêt public s’attachant à la création d’emplois dans un contexte économique défavorable, et compte tenu du maintien dans un état de conservation favorable des espèces concernées.

Toute modification d’un périmètre d’un arrêté de protection biotope susceptible de remettre en cause les zones de présence et les habitats potentiels d’espèces protégées pour lesquelles il est instauré, doit être précédée d’un nouvel avis de la commission départementale de la nature, des paysages et des sites (CDNPS) en application de l’article R. 411-16 du code de l’environnement.

Les régimes nationaux autorisant la capture et la détention d’oiseaux sauvages doivent respecter strictement les conditions et les exigences prévus à l’article 9 de la directive 2009/147 concernant la conservation des oiseaux sauvages. La délivrance d’une telle dérogation doit être justifiée par l’absence d’une meilleure solution et reposer sur des informations précises et complètes sur l’espèce concernée. Le prélèvement doit être réalisé de manière sélective et sous le contrôle effectif de l’autorité ayant délivré la dérogation.

En référé, le juge doit suspendre l’application d’une décision administrative, dans l’attente du jugement « au fond », lorsque deux conditions sont réunies (article L.521-1 du code de justice administrative) :

 s’il existe un doute sérieux quant à la légalité de la décision ;
 et si la situation présente un caractère d’urgence.

Lorsqu’il se prononce sur un arrêté portant dérogation « espèces protégées », le juge admet facilement qu’il existe un « doute sérieux » quant à la légalité, à chaque fois que la démonstration du respect des trois conditions cumulatives prévues par l’article L.411-2 du code de l’environnement est insuffisante ou partielle, et notamment lorsque l’existence d’une « raison impérative d’intérêt public majeur » n’est pas évidente.

Le juge admet également facilement le caractère d’urgence, dès lors qu’il constate que les atteintes aux espèces protégées, par nature irréversibles, sont imminentes (lorsque les travaux peuvent commencer à tout moment par exemple).

La légalité d’une dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées suppose trois conditions cumulatives prévues par l’article L. 411-2 du code de l’environnement.

Si la protection des espèces est un objectif d’intérêt général aux termes des directives européennes « habitats » et « conservation des oiseaux sauvages », sa mise en œuvre doit tenir compte d’autres exigences notamment économiques. Le code de l’environnement permet ainsi sous conditions, au préfet d’autoriser à déroger aux régimes de protection découlant des directives précitées. La motivation d’une telle mesure doit notamment justifier l’absence d’atteinte à l’état de conservation de l’espèce.

La production d’énergie renouvelable peut constituer une raison impérative d’intérêt public majeur justifiant de déroger à l’interdiction de porter atteinte aux espèces protégées, au regard notamment des objectifs fixés par l’article L. 100-4 du code de l’énergie. La seule contribution à l’objectif législatif d’augmenter la part des énergies renouvelables ne suffit toutefois pas nécessairement. Le juge analyse concrètement la contribution apportée par le projet, au regard des circonstances locales et des documents de planification éventuels concernant l’énergie renouvelable concernée.

Le Conseil d’État a jugé que la création de 1500 emplois par la construction d’un grand centre commercial, sans rattachement à une politique publique, voire contraire à certaines orientations du SCOT, ne constituait pas une raison impérative d’intérêt public majeur et donc ne pouvait justifier une dérogation à une interdiction de destruction d’espèces protégées sur le fondement de l’article L.411-2 du code de l’environnement.

La destruction d’un seul spécimen d’une espèce animale non domestique, protégée au sens du code de l’environnement, nécessite une dérogation, ou à défaut est susceptible de constituer une infraction pénale. Indépendamment de la qualification pénale de cette destruction, les associations de protection de l’environnement sont fondées à demander au civil l’indemnisation du préjudice moral résultant de ces destructions non autorisées, dans le cadre, en l’espèce, du fonctionnement d’un parc éolien.

Au sein de l’Union européenne, il est interdit de commercialiser des spécimens de toute espèce protégée figurant à l’annexe I de la Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d’extinction (CITES). Pour obtenir une dérogation à cette interdiction, sous forme d’un certificat accordé par l’organe de gestion de l’État membre, le demandeur devra démontrer, avec des éléments probants, que ladite espèce protégée a été introduite avant l’entrée en vigueur des dispositions protectrices de la CITES. De simples attestations écrites de témoins sont insuffisantes.

Le dossier de demande de dérogation doit permettre de démontrer concrètement l’absence d’autres solutions satisfaisantes qui auraient pu permettre d’éviter les atteintes aux espèces protégées pour lesquelles la dérogation est demandée. La présentation des évolutions du projet (réduction d’impact) dans le cadre de la démarche ERC ne peut en tenir lieu.