L’eau et les milieux aquatiques en Auvergne-Rhône-Alpes
L’eau est un bien commun indispensable à l’homme, ses activités et les écosystèmes. Cette ressource précieuse doit faire l’objet d’une gestion commune, durable et équilibrée.
Pour cela, des schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) sont élaborés à l’échelle de chaque grand bassin (Rhône-Méditerranée, Loire-Bretagne et Adour-Garonne pour la région Auvergne-Rhône-Alpes), par cycles de 6 ans et dans le cadre concerté des comités de bassin. Leur vocation est d’orienter et de planifier la gestion de l’eau pour atteindre les objectifs fixés au niveau européen.
Les SDAGE sont accompagnés d’un programme de mesures qui identifie les actions à réaliser. À l’échelle locale, ces documents sont déclinés dans les schémas d’aménagement et de gestion des eaux (SAGE) et des démarches contractuelles à l’échelle de bassins versants (contrats « eau et climat », accords de territoires par exemples).
La gestion de la ressource en eau fait aussi l’objet d’une réglementation spécifique. Les procédures dites « loi sur l’eau » (régime d’autorisation ou de déclaration) visent à intégrer au mieux les enjeux liés à l’eau dans les projets d’installations, d’ouvrages, travaux et activités (IOTA), pour garantir la cohérence avec la gestion de l’eau par bassins versants.
Un système financier spécifique est géré par les agences de l’eau, selon les principes « l’eau paie l’eau » et « pollueur-payeur ». Les agences de l’eau perçoivent des redevances de la part des usagers, et redistribuent ces fonds sous la forme d’aides financières aux collectivités, industriels, agriculteurs, et associations pour financer des actions en faveur de la gestion durable de l’eau.
Plus récemment, le plan Eau annoncé par le Président de la République en mars 2023, à l’issue d’une sécheresse historique en 2022, s’appuie sur ce cadre structuré de la gestion de l’eau en France pour accélérer des actions devenant urgentes pour la gestion quantitative de la ressource et proposer des solutions innovantes (notamment la valorisation des eaux non conventionnelles).
Ainsi, la finalité de la politique de l’eau est de mobiliser les outils les plus adaptés pour une gestion équilibrée de la ressource en eau (planification, programmation, réglementation, financement) et de s’assurer de leur bonne articulation. En région Auvergne-Rhône-Alpes, le rôle de la DREAL est de piloter cette politique et de coordonner les services et établissements publics de l’État compétents à cette fin.

Les principaux défis de la politique de l’eau en région fin 2024 sont décrits dans une synthèse issue du discours de la préfète de région et du directeur de la DREAL au comité de bassin Rhône-Méditerranée du 6 décembre 2024.
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La DREAL Auvergne-Rhône-Alpes, en lien avec les préfets de département, les agences de l’eau et les collectivités, coordonne une action de l’État fondée sur la mobilisation de l’échelon opérationnel qu’est le sous-bassin versant et la complémentarité des acteurs. L’objectif est de relever les défis de l’eau pour demain : préservation des milieux et de la ressource, sobriété et adaptation aux changements climatiques sont les piliers de cette ambition collective.
Une région aux enjeux hydrologiques multiples
La région Auvergne-Rhône-Alpes est concernée par trois grands bassins hydrographiques :
- Le bassin Rhône Méditerranée
- Le bassin Loire Bretagne
- Le bassin Adour Garonne
Cette configuration particulière engendre des enjeux contrastés de gestion de la ressource en eau, notamment entre zones de montagne, couloir rhodanien urbanisé et grandes plaines agricoles.
Le territoire est soumis à des pressions multiples : sécheresses plus fréquentes, pollutions diffuses, urbanisation et besoins croissants pour l’agriculture, l’industrie et l’alimentation en eau potable. L’État, à travers la DREAL et les préfets de département, agit pour concilier ces usages tout en garantissant la préservation de la ressource.
L’organisation régionale pour l’eau
À l’échelle de chacun de ces bassins, les SDAGE (Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion de l’Eau) définissent les grandes orientations pour une gestion équilibrée de la ressource en eau et les objectifs de qualité et de quantité.
Chaque SDAGE est accompagné d’un programme de mesures qui identifie les actions à réaliser. À l’échelle locale, ces documents sont déclinés dans les schémas d’aménagement et de gestion des eaux (SAGE) et des démarches contractuelles à l’échelle de bassins versants (contrats « eau et climat », accords de territoires par exemples).
La stratégie régionale Eau-Air-Sol-Énergie de 2021 renforce la synergie autour de quelques enjeux phares des SDAGE : le partage de la ressource, la protection des captages. Elle intègre également les axes forts du plan Eau dont l’objectif de sobriété : réduire de 10 % nos prélèvements à horizon 2030 par rapport à 2019.
Plus récemment, en 2024, la feuille de route de la planification écologique régionale (COP) mobilise l’ensemble des partenaires publics et privés autour de deux priorités : sobriété et innovation au plus près des territoires.
L’eau potable : une ressource à sécuriser
Avec plus de 8 000 captages d’eau potable, la région est bien dotée, mais sous tension croissante. 89 captages sont identifiés comme prioritaires, car stratégiques ou dégradés, principalement par les nitrates et les produits phytosanitaires. Malgré l’existence de plans d’action pour la majorité d’entre eux, les résultats restent fragiles.
L’État renforce son accompagnement des collectivités locales volontaires à travers des outils réglementaires, le soutien des agences de l’eau et des leviers comme les paiements pour services environnementaux (PSE) ou la mobilisation foncière.
Lutte contre les pollutions industrielles et émergentes
Le couloir rhodanien, zone industrielle dense, reste exposé aux pollutions spécifiques. La qualité des eaux s’est améliorée depuis 2008 grâce à des contrôles renforcés, une révision des seuils de rejets et des actions ciblées (exemple : plasturgie dans l’Ain).
La DREAL coordonne la réponse aux pollutions émergentes comme les PFAS, en lien étroit avec l’agence de l’eau et les collectivités concernées.
Solutions fondées sur la nature et l’assainissement : des outils complémentaires
Les projets de désimperméabilisation, de renaturation et de gestion intégrée sont de plus en plus soutenus, notamment via le Fonds vert. À titre d’exemple, la Métropole de Lyon prévoit 400 hectares désimperméabilisés d’ici 2026.
En parallèle, l’assainissement reste un chantier qui, s’il est ancien et a porté ses fruits, continue à nécessiter des actions fortes de la part des collectivités, notamment dans les territoires urbains.
Partage de la ressource : vers une gestion concertée
Les services de l’État sont particulièrement actifs dans le développement de Projets de Territoire pour la Gestion de l’Eau (PTGE) : 28 ont été adoptés. Ils réunissent les acteurs du territoire autour du partage de la ressource et de l’anticipation des effets du changement climatique.
L’agriculture reste un secteur clé, appelé à évoluer vers des pratiques plus sobres, mais aussi à étudier les solutions de stockage lorsqu’elles sont pertinentes d’un point de vue économique et écologique. Le programme 100 retenues initié par le préfet Mailhos en 2019 a été suivi et l’objectif atteint.
Mobilisation du secteur industriel
Le secteur industriel est engagé lui aussi. Une feuille de route commune (l’action Sobriété et efficacité Hydrique des Entreprises) a été établie pour favoriser la sobriété hydrique et mieux gérer les périodes de crise. À ce jour, 650 ICPE ont élaboré un plan de sobriété hydrique et plus de 300 contrôles ont été menés.
Des enjeux spécifiques pour la région
Le Rhône : un fleuve sous surveillance
Le Rhône, axe structurant de la région, est un fleuve puissant pourvoyeur d’une ressource en eau abondante, support de nombreux usages. Cependant avec le changement climatique, l’évolution des débits du fleuve devient une préoccupation majeure : les débits d’étiage du Rhône ont déjà diminué et pourraient baisser encore notablement d’ici 2055, du fait de la fonte des glaciers, qui l’alimentent en été et auront probablement quasiment disparu des Alpes en 2100.
Avec le Rhône, nous avons aussi à traiter des questions de gestion transfrontalière avec la Suisse : des accords transfrontaliers sont en cours de finalisation avec la Suisse pour mieux gérer les eaux du Léman et du fleuve.Montagne et stations : vers un tourisme durable
Avec 70 % du territoire en zone de montagne, l’Auvergne-Rhône-Alpes doit accompagner la transition des stations de ski vers un modèle durable, sobre en eau et compatible avec les enjeux climatiques. La tenue des JO d’hiver 2030 sera un défi fort pour cette mutation.
Hydroélectricité : concilier production d’énergie renouvelable et préservation des cours d’eau
Grâce au fleuve Rhône et au-delà, la région se caractérise aussi par une forte production hydroélectrique : 35 % de l’énergie hydroélectrique française est produite dans les 4 départements alpins (Haute-Savoie, Savoie, Isère et Drôme). Il y a donc un fort enjeu de réguler une demande qui ne faiblit pas pour maintenir le bon état des cours d’eau.
Ressources :